中日医院呼吸学科是国内领衔学科,现为国家呼吸医学中心、国家呼吸临床研究中心、中国医学科学院呼吸病学研究院及世界卫生组织戒烟与呼吸疾病预防合作中心依托单位,也是国家呼吸疾病医疗质量控制中心、科技部呼吸与肺循环研究创新团队主任与主要成员所在单位,呼吸学科是国家内科学(呼吸系病)重点学科。目前呼吸学科复旦排行榜、医科院科技量值(STEM)排名位列前二。
医疗方面:呼吸中心具备从最早期的呼吸疾病预防到终末期肺移植的全过程防治能力。在肺移植、呼吸危重症、呼吸系感染、哮喘、慢阻肺、间质性肺疾病、肺血管病、烟草病学、中医肺病、呼吸康复等十个领域达国内领先水平。
人才方面:呼吸中心现有院士1人、国医大师1人、教育部人才2人,杰青1人、万人计划2人,百千万工程人才4人;同时拥有多名优秀中青年呼吸病学临床和研究骨干,形成了良好的学科人才梯队。 
医学研究方面:牵头开展高水平呼吸疾病防诊治研究,促进研究成果转化为临床实践;编制呼吸疾病防诊治指南、技术规范和有关专业和行业标准,推行呼吸疾病的规范化诊疗,多篇成果发表在《柳叶刀》、《新英格兰医学杂志》,为中国赢得国际声誉。