中日医院呼吸学科是国内领衔学科，现为国家呼吸医学中心、国家呼吸临床研究中心、中国医学科学院呼吸病学研究院及世界卫生组织戒烟与呼吸疾病预防合作中心依托单位，也是国家呼吸疾病医疗质量控制中心、科技部呼吸与肺循环研究创新团队、呼吸学科是国家内科学（呼吸系病）重点学科主任与主要成员所在单位。